تدار المنظمة العربية لضمان الجودة في التعليم من قبل مجلس إدارة تشمل عضويته أكاديميين ومدراء تنفيذيين كبار وخبراء في عدة حقول معرفية. ويترأس مجلس الإدارة السيد طلال أبو غزاله، مؤسس المنظمة العربية لضمان الجودة في التعليم.
ويشغل معالي الأستاذ عمرو موسى أمين عام جامعة الدول العربية - منصب الرئيس الفخري في حين يشغل الأستاذ الدكتور صالح هاشم - أمين عام إتحاد الجامعات العربية - منصب نائب الرئيس.
ويحق لمجلس الإدارة اتخاذ أية قرارات من شأنها أن تضمن حسن أداء المنظمة بما في ذلك إنشاء وتشكيل مجلس أمناء ومجلس إعتماد ولجان إستشارية وجهات عمل متخصصة.
